Previo a la creación del Programa de Comando y Estado Mayor Conjunto de la Escuela Conjunta de las Fuerzas Armadas, se dictaron los cursos de Estado Mayor Conjunto, inicialmente impartido por el Centro de Altos Estudios Nacionales (CAEN) con una duración de siete (07) meses para oficiales del grado de Teniente Coronel, Capitán de Fragata y Comandante.
Actualmente, debemos tener en cuenta que la Ley Nº 27860 ha sido reemplazada por la actual Ley del Ministerio de Defensa Nº 29075 del 31 de Julio de 2007, Ley que establece la naturaleza jurídica, función, competencias y estructura orgánica básica del Ministerio de Defensa. Asimismo, en adelante se va a utilizar el término PROGRAMA para reemplazar la palabra CURSO
El curso de Comando y Estado Mayor Conjunto se desarrolló sobre la base inicial de lo que el CAEN impartía como doctrina estratégica en su fase de planeamiento, en lugar de planeamiento y conducción de Operaciones Conjuntas e integradas. Esto se acentuaba más aun, considerando que casi la totalidad de los oficiales que asistían a dicho curso procedían del Ejército, mientras que el número de oficiales de la Marina de Guerra y de la Fuerza Aérea era muy reducido, no dándose aun las condiciones adecuadas para la integración conjunta y la interiorización del criterio de interoperabilidad.
Por otro lado el curso de Operaciones Conjuntas, tenía como propósito principal dar a conocer la incipiente doctrina básica conjunta existente, pero el proceso de planeamiento se hacía de forma independiente con la doctrina propia de cada una de las Fuerzas Armadas, es decir, de la Marina de Guerra y de la Fuerza Aérea. Siendo evidentes, las falencias derivadas de la ausencia de la interoperabilidad entre las fuerzas militares, como por ejemplo, las cartas de operaciones necesarias para el planeamiento, que eran correspondientes a la institución que ese año impartía la cátedra, es decir para el Ejército las “escalas” eran pequeñas y no armonizaban con las de la Fuerza Aérea que eran de escala grande y menos con las de Marina de Guerra que necesitaban otro tipo de cartas.
A partir del año 2002, comienza a aceptarse en el Estado Peruano -sector Defensa – y en personal de las Fuerzas Armadas, la urgente necesidad de buscar la interoperabilidad y el accionar conjunto, siendo esto asumido por el Ministerio de Defensa como una necesidad preponderante.